敦煌在明朝之后的历史
敦煌在汉唐时期，是丝绸之路上的交通枢纽和商贸重镇。宋元时期，中国政治中心逐渐东移北上，同时海上丝绸之路日益兴起，敦煌地位有所下降，但仍不失为东西方往来的重要经由地。明代划嘉峪关而治，在关西地区设立七个羁縻卫所，敦煌成为蒙古、藏、撒里畏兀儿等族的耕牧区域。明中后期迫于西域吐鲁番的崛起和袭扰，不得不闭关绝贡，迁民弃土，敦煌地区遂被完全弃置，进入到其历史上最为暗淡的时代。
明朝之后
明朝建立后，朱元璋派兵平定河西，修筑嘉峪关、明长城，重修肃州城。为加强西北边疆防卫，又设置关西七卫。
永乐三年，在敦煌设沙州卫。后吐鲁番攻破哈密，敦煌面临威胁。明王朝又在沙州古城设置罕东左卫。
正德十一年，敦煌被吐鲁番占领。嘉靖三年，明王朝下令闭锁嘉峪关，将关西平民迁徙关内，废弃了瓜、沙二州。此后二百年敦煌旷无建制，战乱连年，百姓流离失所，田园渐芜，敦煌渐渐衰败，成为“风播楼柳空千里，月照流沙别一天”的荒漠之地了。
清康熙后期，清王朝渐次收复了嘉峪关外的广大地区。
雍正三年，在敦煌建立沙州卫，并开始从甘肃各地移民2400户到敦煌垦荒定居，同时又迁吐鲁番、罗布泊大批兵民于沙州一带。雍正末，沙州已有耕地10万余亩，引党河水分10渠灌溉，农业得到很快的恢复和发展形成河西走廊西部的戈壁绿洲。到乾隆二十五年，改沙州卫升敦煌县，隶属安西直属州，直至辛亥革命。
1949年中华人民共和国成立后，敦煌一直是县府所在地。
1986年又被国务院命名为“中国历史文化名城”。
1987年经国务院批准撤县设立敦煌市。
2011年初，撤销杨家桥乡，设立月牙泉镇。调整后，全市辖7个镇、2个乡：七里镇、沙州镇、肃州镇、莫高镇、转渠口镇乡、阳关镇、月牙泉镇、郭家堡乡、黄渠乡。市政府驻沙洲镇。
2015年，省民政厅批复同意撤销郭家堡乡、黄渠乡，设立郭家堡镇、黄渠镇。
清朝
清朝建立后，开始积极开拓西域。在这一过程中，敦煌的重要性重新受到重视，这成为清朝再度经营敦煌的主要原因。《重修肃州新志》载：“本朝康熙五十四年，阿酋作乱，出师征讨，嘉峪关外渐加修复，初置赤金、靖逆二卫所，雍正初柳沟、安西、沙州以次设卫。”清朝开始重新经营包括敦煌在内的关西地区，其主要举措包括驻军试种、大规模移民以及设立行政建置。
屯驻军队、试种开垦是清朝经营敦煌的第一步举措。康熙五十五年，清朝派兵在敦煌驻防，同年命靖逆将军富宁安在嘉峪关以西的西吉木、达里图、布隆吉一带屯田试种，这一举措是明嘉靖七年以来首次在关西地区开垦耕种，标志着清朝经营关西已迈出了实质性的一步。但由于布隆吉地区系“沙土之地”，耕种条件不佳，粮食产量有限，因此富宁安将目光投向了更西、耕种条件更好的敦煌。
雍正二年（1724）在平定青海罗卜藏丹津叛乱后，清廷议设所千总至敦煌管理民事，并于次年上任。至此，敦煌地区的屯田事宜开始提上日程。雍正四年（1726）初，川陕总督岳钟琪亲自前往踏勘，查得敦煌共有30多万亩土地可以开垦，“土既肥沃，气候亦暖”，具有优越的耕种条件。但当时敦煌没有足够的民户进行开垦，既有兵丁人数太少，并且“素不习农”，致使大量土地闲置荒芜。岳钟琪的这次实地勘察为日后大规模移民敦煌提供了重要依据。
移民是清朝经营敦煌的最重要举措，也是敦煌社会、经济、文化恢复发展的先决条件。敦煌的大片肥沃土地无人耕种，岳钟琪深感可惜，经过缜密思考，他向朝廷提出了移民屯田之策：“现在沙州之地，除酌留五万余亩，仍查兵之有余丁者，方准拨给耕种外，如耕种不完，应与所余剩之二十四万余亩，尽行招民开垦，方充有济，计招民一户给地一百亩，共应招两千四百户。”
除去兵丁继续耕种五万余亩外，其余的24万余亩土地，他建议共招徕移民2400户进行耕种。至于移民的选择，岳钟琪认为有两点应当注意：第一是就近，如果移民太远，很可能会出现“携老挈幼，惮于跋涉，观望不前”的情况，影响移民的效率和效果，而且增加需费用；第二，要选择熟悉耕种的可靠民户，以免移民中出现游手好闲之徒。依据岳钟琪的详细规划，自雍正五年（1727）三月至雍正七年（1729）二月间，从甘肃的60余个州县共移民2400户、约1万人到敦煌。
政府不仅给移民“特发帑金，给沿途口粮、皮衣、盘费”，到了敦煌后又借给牛骡、农具、籽种以及七个月的口粮，并提供“房价”和耕地，进行了妥善安置。
由于移民来自甘肃的各个州县，语言文化、生活习俗存在较大差异，因此按照州县原籍将移民划分为各坊分别居住，同时将敦煌城外周边的垦区耕地划分给移民耕种。雍正年间向敦煌的移民，是清朝边陲移民的典型样本。由于计划周翔、组织得力、安置妥当，因此移民非常成功，不仅奠定了有清一代乃至近现代敦煌人口的基础，也为清代敦煌社会经济的发展复兴创造了条件。
清朝对关西地区的经营遵从着由东向西、由近及远、逐步推进的思路，康熙五十七年（1718）二月，率先在嘉峪关以西临近的西吉木、布隆吉等地设立赤金、靖逆二卫及柳沟所。清朝卫所制度承自明代，但又有所变革，表现在卫所屯丁虽然在名义上与州县民户不同，但实际与一般民户一样，只从事农业生产，不负责军事事务；卫所官员职能也从原来的军事、经济相结合，转变为纯粹的经济和民事职能。
随着敦煌屯田的稳步推进和人口的迅速增加，清朝在敦煌的行政建置也从无到有，并逐步升格。雍正三年（1725）设立沙州所，四年升为沙州卫。沙州协副将石之瑛《开设沙州记》记载：“雍正三年，皇上命设沙州所。四年，川陕总督岳公巡边，至沙州相度地利，题请改卫，并招甘省无业穷民二千四百户，开垦屯种。”至乾隆时期，敦煌原有的卫所建置和职官设置已难以应付日益增加的事务。
更为重要的是，随着清军对西域准噶尔部的平定，敦煌已由边地变为内地，卫所建置已不合时宜。乾隆二十五年（1760），清朝正式设立敦煌县，标志着敦煌已同内地县城一样，敦煌县的建置也一直延续到1987年撤县设市。
清朝再度经营敦煌，具有重要的历史意义。清朝吸取明朝教训，效仿汉唐积极开拓西域，敦煌又成为清军西进的中转站和经略西域的前沿基地。清朝对敦煌的重新重视和再度经营，不仅反映了清朝积极的西域进取政策，同时也实实在在地为西域的经略和安定作出了贡献。另一方面，清朝再度经营敦煌也为敦煌自身的社会历史发展重新注入了生机。
汉唐时期作为丝路枢纽的敦煌，历经宋元而跌宕，至明朝进入历史上的最低谷，敦煌的汉唐子孙不仅消失无踪，其昔日繁荣的商贸和发达的文化也已不再。而清朝向敦煌的移民屯田以及设立建置，不仅使敦煌社会经济在短时期内迅速恢复，也使这个昔日繁华重镇的两千余年历史得以延续到今天。
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